La storia è ambientata in una città modello nel 2013 chiamata NO.6, sorta per le élite d'alto bordo. In un quartiere esclusivo della città, Cronos, vive un ragazzo molto intelligente di nome Shion. La notte del suo dodicesimo compleanno, Shion aiuta un ragazzo che dice di chiamarsi Nezumi (“Topo” in italiano), scappato dell'Area di Sicurezza Speciale della città. Catturato dall'Ufficio di Sicurezza Pubblica, Shion viene espulso da Cronos e mandato a Lost Town. Dopo quattro anni, un misterioso incidente porta Shion a scoprire il segreto di NO.6. e a incontrare nuovamente Nezumi.
